Aufgrund ihrer Bestimmung zur Aufnahme von Pilgern und zur Anbetung der Reliquien der heiligen Fides gilt sie als Wallfahrtskirche. Sie wird als ein Hauptwerk der romanischen Kunst in Südfrankreich betrachtet und ist seit 1840 denkmalgeschützt.
Seit 1998 ist sie weiterhin als Teil der Jakobswege in Frankreich in das Weltkulturerbe der UNESCO aufgenommen.
Der große Aufschwung in Conques im 11. Jahrhundert versetzte Abt Odolric (1031-1065) in die Lage, an der Stelle der Basilika aus dem 10. Jahrhundert die heutige romanische Abteikirche zu errichten. Die ersten Arbeitsabschnitte führten zur Errichtung der unteren Teile des Chorhaupts, insbesondere Apsis und Chorkapellen, deren Mauern sich durch die Verwendung eines rötlichen Sandsteins aus den Steinbrüchen von Combret im Tal des Dourdou auszeichnen.
Der nur allzu kühn über der Vierung errichtete romanische Tiburio stürzte zu einem unbekannten Zeitpunkt ein. Die vor 30 Jahren von den Architekten der Denkmalschutzbehörde durchgeführten Konsolidationsarbeiten haben zu einer besseren Kenntnis dieses Gebäudeteils, seines Schicksals und seiner Umformungen geführt.
Die Schwäche der Eckgewölbekappen als Übergang vom Quadrat zum Achteck gilt als wahrscheinliche Ursache der Katastrophe. Die Kuppel wurde in den letzten Jahrzehnten des 15. Jahrhundert mit den Techniken der gotischen Baukunst für das Gewölbe wieder aufgebaut.
Ein Jahrhundert später, im Jahre 1568, wäre die Abteikirche nach einem von Protestanten gelegten Brand beinahe eingestürzt. Die großen Säulen des Chors barsten unter dem Einfluss der Flammen und mussten mit Eisen und massivem Mauerwerk eingefasst werden. Die Fassadentürme sowie der mittlere Glockenturm wurden abgetragen. Letzterer erhielt in der Folgezeit mit einem zusätzlichen Niveau und einer gezimmerten Spitze sein heutiges Aussehen.
Dem Einschreiten von Prosper Mérimée, Inspektor der Denkmalpflegebehörde, ist die seit 1837 vorgenommene Restaurierung der infolge der Französischen Revolution verwahrlosten Abteikirche zu verdanken.
Seine ausführliche Schrift an das Ministerium führte dazu, dass das Gebäude unter Denkmalschutz gestellt und eine erste Subvention gewährt wurde. Etienne Boissonade, Architekt des Departements, erhielt den Auftrag zur Restaurierung und den dringlichsten Arbeiten. 1874 beauftragte der Minister für Schöne Künste den Architekten Jean-Camille Formigé mit einem kompletten Sanierungsprojekt. Die Arbeiten besaßen ein großes Ausmaß: Wiederaufbau des Säulengangs im Chor, Wiederaufbau des Gewölbes usw.
1881 begann die Erhöhung der beiden Fassadentürme gefolgt von der Anbringung der beiden schweren Steinpyramiden, die sie seitdem schmücken.
Aufnahme und Rundgang der Pilgermassen prägen die Struktur der Abteikirche. Die Seitenschiffe zu beiden Seiten des Hauptschiffs kanalisierten die Pilger in Richtung des halbförmigen Chorumgangs rund um den Chor, wo die Statue der heiligen Fides und verschiedene Reliquienschreine ausgestellt wurden.
Das Hauptschiff und die beiden großzügig ausgelegten Flügel des Querschiffs können hunderte Gläubige aufnehmen und geben freie Sicht auf den Priester am Hochaltar, der damals im Schnittpunkt der beiden Achsen unter der Kuppel stand. In Zeiten großen Andrangs konnten auch die großräumigen Emporen mit Zwillingsarkaden genutzt werden.
Nach Osten standen Nebenaltare in den sieben zum Chorumgang und zum Querschiff geöffneten Kapellen und boten Gelegenheit, gleichzeitig mehrere Messen mit weiteren Priestern abzuhalten.
Nach Verlassen des Narthex mit seinem flachen, fast erdrückenden Gewölbe entdeckt der Besucher die gewagte Schlankheit des Gebäudes, die Höhe des Mittelschiffs, die die Schmalheit zusätzlich betont.
Bei genauerer Betrachtung dieser zum Gebet einladenden Architektur ist schnell zu erkennen, dass sie sich in unglaublich einfachen Formen ausdrückt: Rundbögen und vertikale Ständer ohne jede Verzierung, um die mit Ausnahme der Kapitelle strenge Schlichtheit zu betonen.
Die ca. 250 romanischen Kapitelle der Abteikirche befinden sich überwiegend im Inneren des Gebäudes, entweder auf Ebene der Widerlager der großen Rundbögen des Chorumgangs, des Quer- und des Hauptschiffs, auf den Emporen oder am Ansatz des Gewölbes unter den Doppelbögen.
Diese Bilder aus Stein geben bei stilistischer Betrachtung ein Verständnis vom Fortschritt der Arbeiten von Osten nach Westen. Mehrere Bildhauerwerkstätten haben gleichzeitig oder nacheinander kunstvoll mit rotem Sandstein und gelben Kalkstein gearbeitet.
Nach der Dominanz von Kapitellen mit Flechtwerk, die rund um das Chorhaupt, im Chor und bis in den Chorumgang zu finden sind, treten figürliche und korinthische Kapitelle mit großen Eckblättern auf.
Auf den Emporen von Chor und Querschiff dominieren Kapitelle mit einfachen Blättern auf den Körben, aber ganz am Ende des 11. Jahrhundert und in den ersten Jahrzehnten des 12. Jahrhundert entfaltet sich unter dem gemeinsamen Einfluss der „Werkstatt des Bégon“, der „Werkstatt der Auvergne“ und der Werke des „Meisters des Tympanon“ die Bildhauerkunst an den Kapitellen insbesondere auf den Emporen und im Mittelschiff, den vollendetsten Werken.
Neben religiösen werden insbesondere profane Themen mit außerordentlicher Virtuosität behandelt. Das ikonografische Repertoire wird zuweilen von epischen Erzählungen der Zeit bereichert und in den mit Ringen, Blattgeflechten und zunehmend beliebten Darstellungen von Fabeltieren verzierten Abakussen fortgesetzt und variiert.
Die Skulpturengruppe der Verkündigung befindet sich ca. 8 Meter über dem Boden an der Mauer des nördlichen Querschiffs.
Unter den Widerlagern der Blendarkaden wird die Überlieferung dargestellt, in der der durch ein Namensbanner benannte Erzengel Gabriel sich respektvoll verneigt an die Jungfrau Maria wendet.
Maria spinnt Wolle und überreicht einer jungen Magd, die sich rechts im Hintergrund mit einem Knäuel in der Hand aufhält, rasch ihren Spinnrocken. Maria zeigt sich jedoch nicht beunruhigt. Die offene Hand auf ihrer Brust zeugt von ihrer Einwilligung bzw. Unterwerfung.
Von den mittelalterlichen Klostergebäuden, die eine große Benediktiner-Mönchsgemeinschaft beherbergten, sind in heutiger Zeit nur spärliche Reste erhalten, hauptsächlich der Kreuzgangbereich und die Abtkapelle.